TLÜ ökoloogia instituut, Tallinna Ülikooli ökoloogia instituut, Tallinna Ülikooli teadus- ja arendusasutus, mis täidab iseseisvaid ülesandeid (tegutseb aastast 1997); on Eesti Teaduste Akadeemia (TA) Ökoloogia Instituudi (1992–95) õigusjärglane, too moodustati siis, kui reorganiseeriti Eesti TA Ökoloogia ja Mereuuringute Instituut (1989–91). TLÜ matemaatika ja loodusteaduste instituudi ning ökoloogia instituudi ühine geoökoloogia õppesuund töötab aastast 1993. Ökoloogia instituut annab magistri- ja doktoriõpet. 1998 sõlmiti instituudi ja Eesti TA vahel assotsiatsioonileping. Instituudi kõrgeim otsustusorgan on teadusnõukogu.

Teadustegevuse põhisuundi: aineringe protsesside ajalis-ruumilise muutlikkuse uurimine, ökosüsteemide arengusuundade modelleerimine ja prognoos, kliimategurite osa maastike ja ökosüsteemide arengus ning inimtegevusest tugevasti mõjutatud ökosüsteemide renoveerimise alused. Ökoloogia instituut teostab alus- ja rakendusuuringuid, et tundma õppida ja hallata organismide, maastike, ökosüsteemide ja geosfääride seisundit, arengut ja funktsionaalset struktuuri, ning osaleb arendustegevuses, keskkonnateaduse edendamises ja erialase kaadri ettevalmistamises.

Aastatel 1989–2005 oli direktor Jaan-Mati Punning, aastast 2005 on Mihkel Kangur.

Aastal 2011 oli TLÜ ökoloogia instituudi töökollektiivis 34 töötajat, neist 32 kuuluvad teadustöötajate alla (sh 21 on teadurid ja vanemteadurid). Magistrikraad on omistatud 9 töötajale, 13 on kaitsnud doktorikraadi, teaduste kandidaate on 5, teaduste doktoreid 2.

Instituudi eellugu vaata ka TÜ Eesti mereinstituudi ajalugu.

TLÜ ökoloogia instituudi rakenduslikud uurimissuunad

• Kliimatingimuste muutuse ja rannikumere hüdrodünaamika mõju uurimine eri tüüpi randade arengule. Randade arengu mudelite ja rannikuvööndis asetleidvate muutuste kohta prognooside koostamine.
• Märgalaökosüsteemide seisundi ja arengu ning seda mõjutavate tegurite, eeskätt häiringute mõju uurimine märgalade struktuurile, talitlusele ja aine­ringe­le; uurimis­meetodite arendamine ning märgalade ökoloogilise taastamise tea­dus­like printsiipide väljatöötamine.
• Maavarade kaevandamisega seotud probleemide ja välisõhu saastatuse uuringud (Kirde-Eestis), samuti keskkonnaseisundit ja looduskaitset hõlmavad uuringud ning ekspertiisid. 
• Erimastaapsete looduslike ja antropogeensete protsesside ajalis-ruumilise mõju hindamine ökosüsteemide seisundile, paleo-ökoloogiliste uurimismeetodite aren­da­mine, ökosüsteeemide arengustsenaariumite koostamine.

TLÜ ökoloogia instituudi osakonnad

• keskkonnauuringute osakond
• maastikuökoloogia osakond
• Kirde-Eesti osakond (asub Jõhvis)

TLÜ ökoloogia instituudi väljaanded

• Annual report: Institute of Ecology at Tallinn University (aastast 1992)
• Institute of Ecology. Publications (aastast 1993, ingliskeelsete väljaannete sari)

Välislink

• Tallinna Ülikooli ökoloogia instutuudi koduleht

EE 12, 2003; muudetud 2011